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Configurar tu aplicación OpenXava para ir contra Db2 es muy simple, básicamente has de instalar tu controlador JDBC para Db2 y definir correctamente la fuente de datos. No necesitas tocar nada de código de tu aplicación.
Asumimos que ya tienes Db2 instalado y funcionando.

Descargar el controlador JDBC para Db2

Descarga el controlador para Db2 desde aquí: https://www.ibm.com/support/pages/db2-jdbc-driver-versions-and-downloads

En la página de descarga escoge el controlador adecuado para tu versión de Db2. Esto te llevará a otra página donde has de elegir IBM Data Server Driver for JDBC and SQLJ (JCC Driver). Te pedirá que te registres, después de lo cual podrás descargar el controlador. Descargarás un archivo como este: db2_db2driver_for_jdbc_sqlj_v11.5.tar.gz (los números de versión pueden variar). Descomprímelo, dentro de la carpeta jdbc_sqlj encontrarás db2_db2driver_for_jdbc_sqlj.zip. Descomprime este zip también para encontrar dentro db2jcc4.jar. Este último archivo, el .jar, es el controlador JDBC que vamos a usar.

Crear una variable de classpath en Eclipse

Para poder conectar a Db2 desde Eclipse vamos a declarar una variable de classpath que apunte al controlador JDBC de Db2, así lo podrás usar en cualquier proyecto que lo necesites con facilidad. Para ello, en Eclipse ve a Window > Preferences > Java > Build Path > Classpath Variables donde puedes añadir la nueva variable:
Puedes llamar a la variable DB2_DRIVER o CONTROLADOR_DB2 en lugar de DB_DRIVER si lo prefieres. Path sería la ruta del controlador JDBC, en nuestro caso la ruta del db2jcc4.jar que acabamos de descargar.

Añadir la variable DB_DRIVER al proyecto Eclipse

En el proyecto en que vayas a usar Db2 has de añadir la variable que acabas de declarar. Pulsa con el botón derecho del ratón en tu proyecto y selecciona Properties > Java Build Path > Libraries:
Con esto tenemos el controlador disponible en el entorno de desarrollo.

Añadir el controlador JDBC al Tomcat de producción

Añadir el controlador en producción es mucho más fácil. Copia db2jcc4.jar a la carpeta lib de tu Tomcat. Nada más.

Ajustar la definición de la base de datos

Para desarrollo edita web/META-INF/context.xml de tu proyecto Eclipse y para producción edita conf/context.xml de tu Tomcat, para ajustar la fuente de datos para que apunte a Db2, algo como esto:
<Resource name="jdbc/MiAplicacionDS" auth="Container"
	type="javax.sql.DataSource"
	maxTotal="100" maxIdle="20" maxWaitMillis="10000"
	username="root" password="ao49fmsk"
	driverClassName="com.ibm.db2.jcc.DB2Driver"
	url="jdbc:db2://localhost:50000/miaplicaciondb"/>
Las diferencias están en el driverClassName y la url. La parte final de la url, miaplicaciondb en este ejemplo, es el nombre de tu base de datos Db2. Obviamente, en lugar de localhost deberías poner la dirección del servidor donde está el Db2, y también poner los valores correctos para username y password.

Actualizar persistence.xml

No necesitas tocar la unidad de persistencia default de persistence.xml (en persistence/META-INF), a no ser que uses la propiedad hibernate.dialect en cuyo caso lo más fácil es quitar la propiedad hibernate.dialect. Sin embargo, sí que has de modificar la unidad de persistencia junit para que apunte a Db2:
<!-- JUnit Db2 -->
<persistence-unit name="junit">
	<provider>org.hibernate.jpa.HibernatePersistenceProvider</provider>
	<class>org.openxava.web.editors.DiscussionComment</class>
	<properties>
		<property name="hibernate.connection.driver_class" value="com.ibm.db2.jcc.DB2Driver"/>
		<property name="hibernate.connection.username" value="root"/>
		<property name="hibernate.connection.password" value="ao49fmsk"/>		
		<property name="hibernate.connection.url" value="jdbc:db2://localhost:50000/miaplicaciondb"/>
	</properties>
</persistence-unit>
Adapta username, password y url a la configuración de tu Db2.